Desde la desaparición de los dinosaurios hasta hoy, se han formado ecosistemas complejos y únicos entre los que se destacan los bosques. Se calcula que hace 50 millones de años ya se encontraban éstos en la zona sur de América, existiendo varias especies emparentadas con los Nothofagus, como Robles y Raulíes, y también Arrayanes y Mañíos, árboles emblemáticos y presentes en la Reserva Biológica Huilo Huilo. Esta primera parte de la exhibición se encuentra aún en desarrollo en los pisos superiores del Museo.

El Museo está construido en la entrada de un túnel que se introduce en el cerro. El túnel fue hecho en la década de  los “70 para analizar la calidad del cerro  y evaluar la posible creación de una central hidroeléctrica. En la actualidad se pueden ver las diferentes secuencias de las cenizas y flujos volcánicos de la zona. Si bien los volcanes más importantes de la zona  son el Mocho y el Choshuenco, existe gran cantidad de cráteres en la Reserva, evidenciando la alta actividad volcánica registrada en este lugar.

La muestra que se exhibe se inicia con el colmillo de un mamut asiático, especie que desapareció 5.000 años a.C. Este colmillo fue adquirido a un coleccionista en Jerusalén y  tiene su origen, como muchos otros, en Siberia, donde fueron apareciendo por causa de los deshielos. Los colmillos eran vendidos a los chinos que fabricaban diversos productos con el marfil. Algunos de estos colmillos fueron tallados con relatos de la vida cotidiana y fueron utilizados como regalos para los nobles chinos.  En nuestro país se han encontrado parientes sudamericanos del   mamut, los mastodontes o gonfoterios. El registro más antiguo que se tiene de ellos y su interacción con el ser humano en Chile data de 12.500 años a.C. en el Sitio Monte Verde, cercano a Puerto Montt, Región de Los Lagos.

Se destacan en la muestra algunos objetos de platería realizados por los plateros mapuches y utilizados durante el siglo XIX. Entre ellos se exponen utensilios como mates y platos y elementos ecuestres, como riendas, espuelas y estribos.

Como chilenos hemos sido un pueblo prioritariamente ligado a los minerales. Las formaciones geológicas, los volcanes y el desarrollo de la Tierra nos entregan una riqueza que ha sostenido nuestra economía durante largos períodos de la historia. De ahí la importancia que tienen, en esta exhibición los minerales, haciéndose hincapié en sus usos y métodos de extracción. En esta sección del Museo se exhiben lámparas utilizadas en las salitreras, las que se dividen en las que utilizaban grasa de ballena como energía para la iluminación y las de carburo.

También hay una importante muestra de candados de gran formato usados en los yacimientos mineros y en el mundo agrícola.  Están confeccionados en hierro con decoraciones en bronce y cobre.

Al ingresar al túnel minero, uno se encuentra con una réplica de la Cápsula utilizada para rescatar a los 33 mineros del derrumbe de la Mina San José, comuna de Caldera, Región de Atacama, en el año 2010, como un homenaje a dicha acción y a nuestros mineros. A continuación se puede visitar un yacimiento simulado de cobre, el que muestra vetas verticales de mineral oxidado y rocas aisladas de sulfuros de cobre, en donde este material se encuentra combinado con compuestos de otros elementos, especialmente azufre o hierro.

Finalmente, el Museo presenta  la reproducción de un yacimiento de carbón de Curanilahue,  que se caracteriza por tener las vetas o mantos horizontales. El yacimiento original está ubicado en la provincia de Arauco y fue un importante centro carbonífero a finales del siglo XIX. El carbón era extraído de vetas submarinas y utilizado principalmente para abastecer a los barcos que pasaban por el Océano Pacífico y a los ferrocarriles nacionales.

El recorrido por la sala, que considera 2 niveles, permite obtener una panorámica del poblamiento prehispánico de nuestro país.